玄骸武器主要分为赤毒玄骸武器与信条玄骸武器两大系列，它们通过击败对应的强大敌人获得，其核心魅力在于能够额外附加并融合一种元素伤害属性。赤毒玄骸武器的获取始于在格里纳（G族）地图中击杀一定数量的敌人，当屏幕闪烁并收到赤毒胖子的提示后，地图会刷新被称为幼体的特殊目标，击杀幼体后即可激活一个赤毒玄骸。玩家需要在玄骸占领的星球任务中击杀其奴仆来破解安魂密语，积攒足够的进度后，使用正确顺序安装了安魂MOD的灭骸之刃进行三次成功刺杀，最终击败玄骸即可在铸造厂领取它所持有的赤毒武器，武器的元素属性由激活玄骸时玩家所使用的战甲决定，加成数值则在20%到60%之间随机生成。
信条玄骸武器通常被称为C玄骸武器，其生成流程与赤毒玄骸类似但敌人阵营不同，玩家需要在科普斯（C族）星球完成至少25次击杀，使地图刷新C系幼体，击败后便能激活信条玄骸。后续的密语破解与最终对决流程大体一致，但过程中需要应对的是特殊的猎犬仆从，这些猎犬护盾较厚且会干扰玩家技能。无论是赤毒还是信条玄骸，若在刺杀时安魂MOD顺序错误，玄骸会升级并占领新的星球，增加挑战难度，最高可升至5级。
这些武器附加的元素属性并非固定，火焰、电击、毒素、磁力、辐射等皆有可能出现，不同属性会带来诸如持续灼烧、连锁电弧或穿透护盾等实战特效。玩家可以通过融合系统来提升心仪武器的元素加成百分比，即将一把同类武器作为材料进行融合，新武器的加成为两把武器中较高者的1.1倍，但存在60%的上限。成功击败玄骸后，玩家可以选择将其消灭以获得武器，也可以选择感化，感化后的玄骸有一定几率在任务中协助玩家，并且其幻纹装饰可以用于交易。
面对玄骸特别是高等级时的战斗，对战甲和武器的配置有一定要求，部分战甲技能能有效削弱玄骸的防御，例如有的技能可以直接剥离目标的护盾与护甲。在最终的对决阶段，玄骸会逃往九重天，玩家需要驾驶航道星舰前往特定节点进行最后的刺杀任务，此时玄骸战斗力极强，甚至能快速摧毁玩家的机甲。
